·常规信息
基因(座)名称水稻低温发芽势主效控制基因
major QTL controlling low-temperature germinability in rice
基因符号qLTG3-1
所在染色体3 (已克隆)

qLTG3-1,控制水稻发芽期的低温耐受性。

【表型特征】

目标片段来自Italica Livorno、遗传背景为Hayamasari 的近等基因系,低温发芽势比Hayamasari 高,而在正条件下发芽势并没有差别。此外,在300 mM NaCl 的盐胁迫、500 mM 甘露醇的渗透胁迫以及30-42°C 的高温胁迫下,近等基因系的发芽势也比Hayamasari 高。

【基因克隆与生物学功能分析】

qLTG3-1 位于3号染色体,包含1 个外显子,编码一个由184 氨基酸组成的蛋白产物,产物包含GRP 结构域和LTP 结构域。Hayamasari 品种中的qLTG3-1 基因发生71bp 片段的缺失,造成移码突变。

qLTG3-1 编码一个功能未知的蛋白,定位在胞质和细胞核中。qLTG3-1 在胚、穗部和地上部表达,在正常条件下和低温下,qLTG3-1 在发芽后一天的胚中表达,说明其表达不受低温诱导;qLTG3-1 启动子驱动GUS 报告基因表达分析表明,在浸种后一天qLTG3-1 只在覆盖胚的组织中表达,包括种皮的糊粉层和覆盖胚芽鞘的上胚层表达;组织切片分析表明在低温发芽势高的近等基因系中,胚组织的细胞比Hayamasari 品种的胚组织细胞更加松弛,液泡化程度更高;因此,在种子发芽过程中,qLTG3-1 特异的在种皮的糊粉层和覆盖胚芽鞘的上胚层表达,可能通过调节这些组织的细胞液泡化,从而引起这些组织的松弛而提高种子在低温下的发芽势

【相关登录号】
cDNAs及其产物:AB369214
参考基因组位点:Os03g0103300(RAP-DB, Gramene←→ LOC_Os03g01320(本地MSU-RGAP
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·遗传(物理)图谱
#图谱名称连锁群开始位置终止位置
1日本晴序列注释图谱(2008)3219067219621
·ONTOLOGY及相关基因
表型特征耐寒性(TO:0000303)
·参考文献
1Kenji Fujino;Hiroshi Sekiguchi
  Origins of functional nucleotide polymorphisms in a major quantitative trait locus, qLTG3-1, controlling low-temperature germinability in rice
  Plant Molecular Biology, 2011, 75(1-2): 1-10
2Kenji Fujino;Yasuyuki Matsuda
  Genome-wide analysis of genes targeted by qLTG3-1 controlling low-temperature germinability in rice
  Plant Molecular Biology, 2010, 72(1-2): 137-152
3Kenji Fujino;Yasuyuki Matsuda
  64. Global expression profiling of genes targeted by qLTG3-1 controlling low temperature tolerance at the germination stage in rice
  Cryobiology, 2009, 59(3): 387-388
4Kenji Fujino;Hiroshi Sekiguchi;Yasuyuki Matsuda;Kazuhiko Sugimoto;Kazuko Ono;Masahiro Yano
  Molecular identification of a major quantitative trait locus, qLTG3-1, controlling low-temperature germinability in rice
  Proceedings of the National Academy of Sciences, 2008, 105(34): 12623-12628
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