·常规信息
基因(座)名称抽穗期基因
Heading date-3
基因符号Hd-3
所在染色体6 (已克隆)
供体材料Kasalath

Hd-3 与水稻开花、抽穗期和成熟有关,但效应较小,属微效QTL。Hd-3 本身对光周期敏感性不起作用,来自Kasalath 的等位基因延迟了水稻的抽穗

【发现与定位】

利用日本晴和Kasalath 杂种F2 代的186 个植株和850 多个分子标记,Yano等对影响水稻稠穗期的QTL进行定位,发现了2个主效QTLs,即Hd-1Hd-2,和3个微效QTLs,即Hd-3Hd-4Hd-5,这5个QTLs共可解释84%的表型变异。其中,微效位点Hd-3 位于水稻第6染色体(Yano et al., 1997)。

Yamamoto 等利用日本晴作轮回亲本,Kasalath 作供体,分别构建包含Hd1Hd2Hd3 的近等基因系,并借助RFLP标记对这3个QTLs进行精细定位。其中,Hd3 定位于水稻第6染色体RFLP标记R1952 和C1032之间,并与R2749、R1962、R2967 和C764等4个RFLP标记共分离(Yamamoto et al., 1997)。

Hd-1Hd-2 座位上的日本晴等位基因对Hd-3 上的Kasalath 等位基因具有上位性作用,暗示Hd-3 上Kasalath 等位基因本身并不对光周期敏感起作用,而是对Hd-1Hd-2 座位上的日本晴等位基因对光周期敏感性的反应起作用(Lin et al., 2000)。

【QTL的分解】

在自然和短日照条件下,对日本晴和Kasalath 杂种后裔进行大量试验,发现Hd3 位点实际上是由Hd3aHd3b 两个子位点构成,这两个位点都具有加性效应:在短日照下,来自Kasalath 的Hd3a 位点的等位基因会促进抽穗;而在长日照或大田里,来自Kasalath 的Hd3b 位点的等位基因会延迟抽穗。Hd3a 与分子标记B174 共分离,而Hd3b 与分子标记R1952 共分离,两者的遗传距离约为1.6cM(Monna, et al., 2002)。

【相关登录号】
参考基因组位点:
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·ONTOLOGY及相关基因
表型特征抽穗期(TO:0000137), 光周期敏感性(TO:0000229), 生育期(TO:0000469)
形态构造孕穗期(GRO:0007148)
生育时期抽穗期(GRO:0007044)
·参考文献
1L. Monna;H. Lin;S. Kojima;T. Sasaki;M. Yano
  Genetic dissection of a genomic region for a quantitative trait locus, Hd3, into two loci, Hd3a and Hd3b, controlling heading date in rice
  Theoretical and Applied Genetics, 2002, 104(5): 772-778
2H. X. Lin;T. Yamamoto;T. Sasaki3 and M. Yano
  Characterization and detection of epistatic interactions of 3 QTLs, Hd1, Hd2, and Hd3, controlling heading date in rice using nearly isogenic lines
  Theoretical and Applied Genetics, 2000, 101(7): 1021-1028
3T. Yamamoto;Y. Kuboki;S. Y. Lin;T. Sasaki and M. Yano
  Fine mapping of quantitative trait loci Hd-1, Hd-2 and Hd-3, controlling heading date of rice, as single Mendelian factors
  Theoretical and Applied Genetics, 1998, 97(1-2): 37-44
4M. Yano;Y. Harushima;Y. Nagamura;N. Kurata;Y. Minobe and T. Sasaki
  Identification of quantitative trait loci controlling heading date in rice using a high-density linkage map
  Theoretical and Applied Genetics, 1997, 95(7): 1025-1032
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