·常规信息
基因(座)名称直立型密穗基因;小圆粒种基因
dense and erect panicle2
基因符号DEP2; EP2; SRS1
所在染色体7 (已克隆)

小圆粒基因srs1(Abe et al. 2010) 与直立型密穗基因DEP2(Li et al. 2010)和EP2(Zhu et al. 2010) 是同一个基因位点。

SRS1/DEP2 不仅调控水稻穗型,而且参与调节种子大小的调节。SRS1/DEP2 主要在幼嫩组织如幼穗中表达。突变体srs1/dep2 表现为直立穗、小圆粒种的表型(Abe et al. 2010; Li et al. 2010; Zhu et al. 2010)。

【基因克隆与生物学功能分析】

DEP2 含有10 个外显子,编码一个由1365 氨基酸组成的蛋白产物。测序发现dep2-1 的第6 外显子有31 个碱基的缺失,dep2-2 的第2 内含子有一个G/A 的颠换。31 个碱基的缺失导致编码框移动,而G/A 的颠换改变了第2 内含子的编辑位置,进而移码(Li et al., 2010)。

【相关登录号】
cDNAs及其产物:GQ449684
参考基因组位点:Os07g0616000(RAP-DB, Gramene←→ LOC_Os07g42410(本地MSU-RGAP
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·遗传(物理)图谱
#图谱名称连锁群开始位置终止位置
1日本晴序列注释图谱(2008)72604185526049689
·ONTOLOGY及相关基因
表型特征籽粒大小(TO:0000397), 穗密度和形状(TO:0020001)
·参考文献
1Yuki Abe;Keiko Mieda;Tsuyu Ando;Izumi Kono;Masahiro Yano;Hidemi Kitano;Yukimoto Iwasaki
  The SMALL AND ROUND SEED1 (SRS1/DEP2) gene is involved in the regulation of seed size in rice
  Genes & Genetic Systems, 2010, 85(5): 327-339
2Feng Li;Wenbo Liu;Jiuyou Tang;Jinfeng Chen;Hongning Tong;Bin Hu;Chunlai Li;Jun Fang;Mingsheng Chen;Chengcai Chu
  Rice DENSE AND ERECT PANICLE 2 is essential for determining panicle outgrowth and elongation
  Cell Research, 2010, 20(7): 838-849
3Keming Zhu;Ding Tang;Changjie Yan;Zhengchang Chi;Hengxiu Yu;Jianmin Chen;Jiansheng Liang;Minghong Gu;Zhukuan Cheng
  ERECT PANICLE2 Encodes a Novel Protein That Regulates Panicle Erectness in Indica Rice
  Genetics, 2010, 184(2): 343-350
4S. TANABE;K. MIEDA;M. ASHIKARI;H. KITANO and Y. IWASAKI
  Mapping of Small and Round Seed 1 gene in rice
  Rice Genetics Newsletters, 2007, 23: 44-47
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