杂交稻两优培九及其亲本的转录组研究 根据已知的和预测的籼稻基因，作者设计覆盖全基因组的寡核苷酸芯片，并利用该芯片对杂交水稻两优培九（LYP9）及其亲本的叶片和穗部的转录组结构进行分析。从包括苗期叶片、分蘖期叶片、孕穗期剑叶、抽穗期剑叶、开花期剑叶、灌浆期剑叶和灌浆期穗等7个不同时期的组织中，共检测到芯片上36,926个基因中的22,266在这些组织有表达。聚类分析发现F1杂种的表达结构和其亲本更类似，而不是介于双亲之间。在这些基因中有7,078个在所有检测的组织中均有表达，差异表达的基因有3,926个。作者将差异表达基因（DG）分成两类，一类是在双亲间差异表达的（DGPP），另一类是在F1杂种和亲本间差异表达的（DGHP）。结果表明，参与能量代谢和转运的基因在DGHP中富集，而DGPP中则没有。此外，还发现这些DG往往被定位到和产量相关的数量性状座位上，这为我们提供了潜在的杂种优势基因。源文：A transcriptomic analysis of superhybrid rice LYP9 and its parents